磁力攪拌器的控溫方式普遍有兩種，一種是用電接點水銀溫度計控溫 ，另一種是採用傳感器（電熱偶）控溫，在使用過程中電接點水銀和傳感器一端都是要放入到測量的液體中，另一端與機器連接。
在控溫過程中，當液體溫度低於設定溫度，加熱盤開始加熱，當液體溫度到所設定的溫度，這時由電接點水銀溫度計或傳感器傳輸信号到主機，此時加熱盤停止加熱，當溫度再次低於設定溫度時，加熱盤繼續加熱，這就是磁力攪拌器控溫的原理 。
注意事項：
1、加熱盤有熱慣性，控溫時有可能高於設定溫度，如果實驗要求比較高，此時要注意控制加熱盤的溫度（即加熱電壓）。
2、採用電接點水銀溫度計控溫時是在電接點水銀溫度計上面設定溫度，採用傳感器控溫方法是在磁力攪拌器的主機上設定溫度。由此看出，傳感器控溫比較方便。但是傳感器採用金屬材料，所以耐腐蝕程度沒有電接點水銀溫度計玻璃的好。
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