沼氣池在運行中，應視不同的原料定期、不定期的進行混合攪拌，這在理論上稱做持續動态發酵 。使用機械攪拌器經常攪拌沼氣池的發酵原料，能使原料與沼氣細菌充分接觸，加快沼氣細菌的新陳代謝 ，使其能很快生成繁殖 ，提高産氣效率；可以打破池内上層結殼，使中下層所産生的附著(zhe)在發酵原料上的沼氣 ，由小氣泡累積成大氣泡，並(bìng)上升到氣箱内；可以減少發酵死角，使養料分布均勻促進沼氣細菌生活環境不斷更新 ，利於它們獲得新的養料。
适當的攪拌方法和強度，增強微生物與原料的接觸，使之獲得營養物質機會增加，活性增強，生産繁殖旺盛，從而增加産氣量。經常使用機械攪拌器攪拌後，可使産氣量提高35%～50%。如不經常攪拌發酵原料，還會在沼氣池底部逐步形成結塊固化結層，縮小沼池容積並造成抽吸出料的困難。
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